興南汽車客運公司創立於民國三十一年九月三日，係由日據時代之台灣輕鐵株式會社、新化軌道株式會社及佳里商會合併而成，初名「興南乘合自動車株式會社」，專營汽車客運。文炳先生之翁辛西淮先生，擔任取締役社長、文炳先生擔任常務取締役。民國三十五年一月二十日更名為「興南公共汽車股份有限公司」，同年十一月二十五日文炳先生升任為副董事長。民國三十六年四月二十六日，奉台灣省公路局之指示，改名為「興南汽車客運股份有限公司」迄今。

創立初期，總公司及台南總站設於台南市成功路和西門路三段交叉路口，爾後為因應環境之需要，乃於民國五十六年八月十五日總公司先行遷移至逢甲路二八四路辦公，台南總站則於六十年二月四日及八月十六日分二梯次遷至總公司樓下營業。六十二年六月一日保養廠及機料課遷往新化作業，而原廠地變更為總站停車場。

民國六十五年為擴展業務，加強服務品質，遂在總站旁增購土地興建辦公大樓及總站候車室，迨至六十六年五月中旬全部竣工。嗣因台灣經濟快速成長，客運業務亦逐日據增，車輛數目逐年遞增，停車場不敷使用，而保養場及機料課又遠離總公司，殊感不便。遂於民國六十七年四月十八日在安平工業區新樂路購置土地，六十八年五月三日鳩工興建修理廠房及辦公大廈，六十九年六月三十日全部完工，七月十七日總公司及修理廠、機料課遷入。興南客運在多年來不斷的努力之下，曾於民國六十七、七十年兩度榮獲中華民國道路協會評選為「民營汽車客運業優良機構」，誠屬不易。

興南汽車客運股份有限公司於103年11月份導入ISO-9001:2008品保系統，建立"持續改進，客戶滿意"之理念，確保本公司符合顧客需求與法令規章的要求，以提高顧客滿意度之目標，並於106年10月改版為ISO-9001:2015品質管理系統。