配合本市「永康區中華路CF幹線新建工程(第二期)」交通管制，於109年9月24日至施工完成(預計110年6月30日)，本公司營運路線:橘12「麻豆-善化-台南」線，施工期間暫不停靠「中華路、勝華街口」(往麻豆方向)招呼站，請乘客至前後鄰近站位搭乘，不便之處敬請見諒。

本公司為配合行政院人事行政局109年行事曆公布休假日實施：
109.09.26(六)為補上班日，採平常日班表營運，高鐵市府線則採假日時間表營運。
109.10.2(五)為彈性放假日，採例假日時間表。

自109年10月1日(四)起，本公司營運路線:橘3「善化轉運站-安定-和順」線、橘3「善化轉運站-安定-和順-台南」線、橘3「善化轉運站-和順-臺南轉運站(不經中榮里)」線、橘11「下營公所-麻豆-和順」線、橘11「下營公所-麻豆-和順-台南」線，取消停靠「和順」(雙向)招呼站，請欲搭車的民眾前往「和順國小」招呼站搭乘。

自109年10月1日(四)起，本公司營運路線招呼站更名如下:
1.綠25「大埔街」招呼站更名為「順福旅社」。
2.綠20、綠22、綠23、綠24、綠25「埔頭仔」招呼站更名為「埔頭子」。

配合本市工務局「南區中華南路二段（金華路至中華西路一段）」路面改善工程交通管制，於109年9月21日至施工完成(預計109年9月22日)，本公司營運路線:紅幹線及紅幹線區間車，施工期間暫不停靠「中華南路二段」、「新興國宅」招呼站，請乘客至前後鄰近站位搭乘，不便之處敬請見諒。

配合「109年國家防災日大規模震災消防救災動員演練」交通管制:
●於109年9月20日中午12時起至109年9月21日下午6時止，本公司營運路線: 紅3「台南-台南航空站-高鐵台南站-關廟」線、紅3「台南航空站-高鐵台南站-關廟」線、紅3「台南-台南航空站-高鐵台南站-關廟(經文賢、德成路口)」線、紅4「台南-後壁厝-台南都會公園」線。

●於109年9月20日中午12時起，本公司營運路線:紅3-1「奇美博假日公車」線。

以上路線於演練時間，暫不停靠「奇美博物館」招呼站，請乘客至前後鄰近站位搭乘，不便之處敬請見諒。

配合本市水利局「歸仁區長榮路一段與中正南路三段路口汙水截流工程」交通管制，於109年9月19日至施工完成(預計109年9月21日)，本公司營運路線：紅3「台南-台南航空站-高鐵台南站-關廟」線、紅3「台南航空站-高鐵台南站-關廟」線、紅3「台南-台南航空站-高鐵台南站-關廟(經文賢、德成路口)」線、紅14「關廟-高鐵台南站」線，施工期間改道，改道路徑如附件。

配合「北門區玉港里聚落防護治理工程」，自即日起至施工完成(預計109年10月15日)，本公司營運路線：藍1「佳里-苓子寮-西埔內-南鯤鯓」線，施工期間暫不停靠原「西埔內」(雙向)招呼站，於往南鯤鯓方向約90公尺處設置「西埔內」臨時招呼站，請乘客至臨時站位搭乘，不便之處敬請見諒，臨時站位設置地點如附件。

配合本市工務局「中華南路（金華路至華南地下道口）路面改善工程」交通管制，於109年9月15日至109年9月16日及109年9月20日，每日晚上10時起，本公司營運路線：紅幹線，施工期間改道暫不停靠「德興路口」、「至善橋」、「郡南里」招呼站，請乘客至鄰近站位搭乘，造成不便敬請見諒，改道路徑如附件。

自109年9月25日(五)，本公司營運路線:橘10「真理大學-麻豆-隆田-台南藝術大學」線及橘10「真理大學-麻豆-隆田-六甲」線於「七甲里」及「瓦窯」中間增設「蘭都觀光工廠」招呼站，票價以「二鎮」計收。